Runen sind die Quelle der Kräfte der Schattenjäger: Im Grunde könnte man sie als Tätowierungen bezeichnen, von denen verschiedene Kräfte ausgehen, wie Heilung, Stärke etc. Manche sind permanent, andere verblassen nach ihrem Einsatz wieder und hinterlassen weiße Narben. Runen besitzen gewaltige Kräfte, ohne sie wären Schattenjäger verwundbarer und anfällig. Die Platzierung der Runen ist nur manchmal wichtig: Die Voyance-Rune muss auf dem Rücken der primären Hand des Trägers platziert werden und die Engelsmacht-Rune entweder auf einem Arm oder auf den Schlüsselbeinen. Ansonsten kommt es nur darauf an, wie genau eine Rune gezogen wurde. Je genauer, desto stärker wirkt sie.
Aus dem Schattenjäger-Codex geht hervor, dass alle Schattenjäger vom Erzengel Raziel abstammen, der dem ersten der Nephilim, Jonathan Shadowhunter, Das Graue Buchüberreichte. Das Graue Buch beinhaltet alle den Schattenjägern bekannte Runen, auch wenn manche nur für Leser sichtbar sind, die bestimmte andere Runen tragen (nämlich die der Eisernen Schwestern oder der Stillen Brüder).
Die Male geben den Nephilim alle möglichen Formen von Schutz: schnelle(re) Heilung, Stärke und Schnelligkeit, Nachtsicht und sogar die Möglichkeit, sich mithilfe einer Rune namens "Zauberglanz" vor Irdischen unsichtbar zu machen.
Runen stehen nicht jedem zur freien Verfügung: versieht man einen Irdischen mit einem dieser Male, hat das unerträgliche Schmerzen zur Folge, die den Betreffenden letztendlich in den Wahnsinn treiben oder sogar in einen Forsaken verwandeln.
Bei den Schattenjägern gilt der Entzug der Runen durch die Brüder der Stille als eine der schlimmsten Strafe. Werden einem Schattenjäger die Runen entzogen, verliert er alles, was ihn zu einem Nephilim macht. Er würde dann zu einem Irdischen werden.
Weil Clary Fairchild reines Engelsblut hat, kann sie neue Runen erschaffen oder bereits bekannte verstärken.
Schattenjäger bekommen gewöhnlich mit 12 Jahren ihre ersten Runenmale. Dabei wird ein großes Fest veranstaltet. Alle Schattenjäger versammeln sich in einem großen Saal. Ein Bruder der Stille zeichnet mit seiner Stele die erste Rune, für gewöhnlich die Voyancerune, auf die Haut des jungen Schattenjägers und nimmt diesen somit offiziell in die Schattenjägergemeinschaft auf. Danach wird das Fest gefeiert und es gibt viele Geschenke. Wie bei allen Runen ist das Auftragen mit einem Brennen verbunden.